心血管内科
中科大附一院（医院）心内科是安徽省临床医学重点学科、国家卫健委心血管病专科医师培训基地，是国家卫健委首批冠心病介入治疗培训基地、安徽省首批临床研究中心。
学科现有6个病区，目前设有3个亚学科，分别为冠心病介入诊疗、心脏起搏与电生理和心力衰竭亚专科。现有医生62名，其中高级职称30名，90%以上具有研究生以上学历，大部分有海外留学背景。
学科是安徽省首屈一指的心血管内科诊疗中心，心血管病临床、教学和科研水平历年来居省内绝对领先地位。心血管病的介入诊疗是科室特色，常规开展各种心血管病的介入诊断和治疗，是目前省内唯一的各种复杂、疑难、危重心血管病介入诊疗中心和转诊目的地。各种心血管病介入诊疗居省内绝对领先、国内先进水平。
神经内科
神经内科是安徽省重点培育专科、中科大“高地”学科，系中国科学技术大学博士点及硕士点、山东大学博士点、安徽医科大学博士点及硕士点、皖南医学院硕士点、卫健委住院医师规范化培训基地、国家脑血管病疑难病提升工程学科、国家示范高级卒中中心。
学科共有5个病区，床位张，门诊量15万余人次/年，出院近1万人次/年。科室现有医生54人，护士89人。其中主任医师11名、副主任医师15名；博士17名、在读博士11名；博导4人、硕导11人。
学科现已成立脑血管病介入诊疗亚专科、认知障碍亚专科，同时逐步成立神经免疫疾病、帕金森病、神经重症、神经遗传、癫痫、周围神经与肌肉疾病、睡眠障碍等多个亚专科，促进学科全面发展。血管病介入诊疗亚专科处于全省领先地位
血液科
血液科建于年，以血液病诊治、科研和教学为一体的临床学科，是安徽省首批临床医学重点学科、安徽省重点学科、卫生部认定的安徽省第一家中国非血缘造血医院、中国医师协会血液病专科医师培训基地。
学科与中国血液病专科排名第一的中国医学科学院血液病研究所（天津血研所）成立了专科联盟。目前共有医师45人，其中高级职称18人，博士及在读博士20人，在读博士后2人。
学科共设有4个亚专科，包括造血干细胞移植科、白血病科、淋巴瘤及骨髓瘤、出血与血栓性疾病。造血干细胞移植为我科标志性特色技术，也是学科主攻方向之一，其中优势特色技术非血缘脐血移植（UCBT）国内排名第一。