安徽新华学院，是以理工为主的高校；而安徽医科大学，是以医学为主的院校，两所学校都位于安徽省合肥市，而且两所学校距离并不是十分太远，只有20多分钟的车程。两所学校的办学体制并不相同，安徽新华学院是一所民办高校；而安徽医科大学则是一所公办高校。
安徽新华学院，前身是年创办的安徽新华职业学院，当时是一所办学层次为专科的高职院校。不过，这所高职院校，仅仅发展五年，就升级为“本科”高校，并且更名为安徽新华学院。从新建院校，到升级为本科高校，普通公办高校都要走几十年的路，但是这所民办高校仅仅用时五年，可见其对“升级”之渴望程度。事实上，民办高校不择手段升级高校，往往是醉温之意不在酒。
安徽新华学院，本科专业，每年学费元至元；而专科专业，每年学费元至元，由此可见，民办高校有专科院校升级为“本科”高校，不仅仅学费可以成本增长，而且本科在校时间4年；专科在校时间3年，从学生收费时限和稳定性上来讲，也要更划算一些。这也是民办高校喜欢“升级”本科的根本原因，毕竟“经济”才是民办高校的重中之重，这是不可否认的事实。
安徽医科大学，是一所公办高校，是安徽省内第一所独立建制的医学院校，而且这所学校解放前就已经成了，已经有几十年的办学经验和教研基础，实力极为强悍。总体来看，安徽医科大学的实力完胜安徽新华学院，无论是综合实力，还是社会认可度等单项优势方面来看，安徽医科大学都绝对领先于安徽新华学院。